Paket: bali-phy (3.6.1+dfsg-1)

[ Quellcode: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Andere Pakete mit Bezug zu bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++-Darstellung von Zeitspannen, Zeitpunkten und Uhren

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  Dateisystemoperationen (portable Pfade, Iterationen über Verzeichnisse, usw.) in C++

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  C++-Bibliothek für Programmoptionen

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0)

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  2D-Vektorgrafikbibliothek Cairo

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R - ein System für statistische Berechnungen und Grafiken

• sug: figtree

  Grafischer Betrachter für phylogenetische Bäume

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	6.064,3 kB	35.817,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	5.434,7 kB	32.461,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	4.569,9 kB	29.779,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	4.270,2 kB	22.071,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	5.850,5 kB	35.191,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	5.622,3 kB	42.347,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	5.563,3 kB	40.550,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	6.142,8 kB	40.895,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	4.982,7 kB	35.461,0 kB	[Liste der Dateien]