Paquet : sprai (0.9.9.23+dfsg1-3 et autres)

[ Paquet source : sprai  ]

single-pass sequencing read accuracy improver

Sprai is a tool to correct sequencing errors in single-pass reads for de novo assembly. It is originally designed for correcting sequencing errors in single-molecule DNA sequencing reads, especially in Continuous Long Reads (CLRs) generated by PacBio RS sequencers. The goal of Sprai is not maximizing the accuracy of error-corrected reads. Instead, Sprai aims at maximizing the continuity (i.e., N50 contig length) of assembled contigs after error correction.

Autres paquets associés à sprai

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.30) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: time

  programme GNU time pour mesurer l'utilisation des ressources CPU

• sug: make

  utilitaire pour mener la compilation

• sug: pbalign

  Paquet indisponible

• sug: pbgenomicconsensus

  Paquet indisponible

• sug: pbh5tools

  Paquet indisponible

Télécharger sprai

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-3	1 476,5 ko	1 881,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	0.9.9.23+dfsg1-3	1 477,2 ko	1 713,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	0.9.9.23+dfsg1-3	1 473,8 ko	1 881,0 ko	[liste des fichiers]
armel	0.9.9.23+dfsg1-3	1 473,0 ko	1 693,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	0.9.9.23+dfsg1-3	1 471,6 ko	1 669,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-3	1 475,5 ko	1 692,0 ko	[liste des fichiers]
i386	0.9.9.23+dfsg1-3	1 477,6 ko	1 713,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-2	1 485,0 ko	1 738,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-3	1 475,8 ko	1 721,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-3	1 474,6 ko	1 693,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	0.9.9.23+dfsg1-3	1 477,2 ko	1 885,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-3	1 477,7 ko	1 881,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	0.9.9.23+dfsg1-3	1 478,1 ko	1 881,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	0.9.9.23+dfsg1-3	1 474,3 ko	1 689,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	0.9.9.23+dfsg1-3	1 476,0 ko	1 701,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-3	1 477,7 ko	1 877,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-3	1 474,5 ko	5 722,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	0.9.9.23+dfsg1-3	1 476,4 ko	1 705,0 ko	[liste des fichiers]