Paquet : sprai (0.9.9.23+dfsg-2)

[ Paquet source : sprai  ]

single-pass sequencing read accuracy improver

Sprai is a tool to correct sequencing errors in single-pass reads for de novo assembly. It is originally designed for correcting sequencing errors in single-molecule DNA sequencing reads, especially in Continuous Long Reads (CLRs) generated by PacBio RS sequencers. The goal of Sprai is not maximizing the accuracy of error-corrected reads. Instead, Sprai aims at maximizing the continuity (i.e., N50 contig length) of assembled contigs after error correction.

Autres paquets associés à sprai

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.7) [non arm64]

• dep: ncbi-blast+ (>= 2.2.27)

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: time

  programme GNU time pour mesurer l'utilisation des ressources CPU

• sug: make

  utilitaire pour mener la compilation

• sug: pbalign

  map Pacific Biosciences reads to reference DNA sequences

• sug: pbgenomicconsensus

  Pacific Biosciences variant and consensus caller

• sug: pbh5tools

  tools for manipulating Pacific Biosciences HDF5 files

Télécharger sprai

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 480,4 ko	1 715,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1 477,5 ko	1 699,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1 474,3 ko	1 667,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1 480,1 ko	1 715,0 ko	[liste des fichiers]