Paket: r-bioc-deseq2 (1.46.0+dfsg-2 und andere)

[ Quellcode: r-bioc-deseq2  ]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from high-throughput sequencing assays and test for differential expression based on a model using the negative binomial distribution.

Andere Pakete mit Bezug zu r-bioc-deseq2

• dep: libblas3

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [nicht alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht hppa, ia64, sh4]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

  oder liblapack.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, sh4]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: r-api-4.0

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Paket nicht verfügbar

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Paket nicht verfügbar

• dep: r-api-bioc-3.20 [nicht hppa, ia64, sh4, x32]

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2) [x32]

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.7.5)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-geneplotter [x32]

  R package of functions for plotting genomic data

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-matrixgenerics [nicht x32]

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.18)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.1.6)

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-ggplot2 [x32]

  Implementierung der »Grammar of Graphics«

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [nicht x32]

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0)

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• dep: r-cran-rcpparmadillo

  GNU R package for Armadillo C++ linear algebra library

• sug: r-bioc-glmgampoi

  GNU R fit a Gamma-Poisson generalized linear model

• sug: r-bioc-tximeta

  Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

• sug: r-bioc-tximport

  transcript-level estimates for biological sequencing

• sug: r-bioc-tximportdata

  GNU R various transcript abundance quantifiers

• sug: r-cran-biocmanager

  access the Bioconductor project package repository

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pbapply

  GNU R package providing progress bars for vectorized R functions

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R package providing suitable color palettes

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-rmarkdown

  Konvertierung von R-Markdown-Dokumenten in verschiedene Formate

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

r-bioc-deseq2 herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	1.46.0+dfsg-2	1.247,8 kB	1.756,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	1.46.0+dfsg-2	1.256,6 kB	1.749,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	1.46.0+dfsg-2	1.242,7 kB	1.757,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.234,4 kB	1.718,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.254,7 kB	1.916,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	1.46.0+dfsg-2	1.246,0 kB	1.765,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	1.46.0+dfsg-2	1.257,1 kB	1.825,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	1.46.0+dfsg-2	1.256,0 kB	1.821,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	1.46.0+dfsg-2	1.253,6 kB	1.692,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	1.46.0+dfsg-2	1.257,6 kB	1.757,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	1.42.1+dfsg-1	1.256,3 kB	1.738,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	1.46.0+dfsg-2	1.239,5 kB	2.531,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	1.38.3+dfsg-1	1.258,9 kB	1.736,0 kB	[Liste der Dateien]