Paket: r-bioc-deseq2 (1.46.0+dfsg-2 och andra)

[ Källkod: r-bioc-deseq2  ]

R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

Differential gene expression analysis based on the negative binomial distribution. Estimate variance-mean dependence in count data from high-throughput sequencing assays and test for differential expression based on a model using the negative binomial distribution.

Andra paket besläktade med r-bioc-deseq2

• dep: libblas3

  Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

  eller libblas.so.3

  virtuellt paket som tillhandahålls av libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [ej alpha, ia64, loong64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej hppa, ia64, sh4]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  eller liblapack.so.3

  virtuellt paket som tillhandahålls av libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, sh4]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ej hppa, ia64, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: r-api-4.0

  virtuellt paket som tillhandahålls av r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Paketet inte tillgängligt

• dep: r-api-bioc-3.20 [ej hppa, ia64, sh4, x32]

  virtuellt paket som tillhandahålls av r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2) [x32]

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-bioc-biobase

  base functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.7.5)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-geneplotter [x32]

  R package of functions for plotting genomic data

• dep: r-bioc-genomicranges

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges

  GNU R low-level containers for storing sets of integer ranges

• dep: r-bioc-matrixgenerics [ej x32]

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.18)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.1.6)

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-ggplot2 [x32]

  implementation of the Grammar of Graphics

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [ej x32]

• dep: r-cran-locfit

  GNU R local regression, likelihood and density estimation

• dep: r-cran-matrixstats

  GNU R methods that apply to rows and columns of a matrix

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.11.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcpparmadillo

  GNU R package for Armadillo C++ linear algebra library

• sug: r-bioc-glmgampoi

  GNU R fit a Gamma-Poisson generalized linear model

• sug: r-bioc-tximeta

  Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

• sug: r-bioc-tximport

  transcript-level estimates for biological sequencing

• sug: r-bioc-tximportdata

  GNU R various transcript abundance quantifiers

• sug: r-cran-biocmanager

  access the Bioconductor project package repository

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pbapply

  GNU R package providing progress bars for vectorized R functions

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rcolorbrewer

  GNU R package providing suitable color palettes

• sug: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Hämta r-bioc-deseq2

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	1.46.0+dfsg-2	1.247,8 kbyte	1.756,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	1.46.0+dfsg-2	1.256,6 kbyte	1.749,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	1.46.0+dfsg-2	1.242,7 kbyte	1.757,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	1.42.1+dfsg-1	1.234,4 kbyte	1.718,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	1.42.1+dfsg-1	1.254,7 kbyte	1.916,0 kbyte	[filförteckning]
loong64 (inofficiell anpassning)	1.46.0+dfsg-2	1.247,0 kbyte	1.755,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	1.46.0+dfsg-2	1.246,0 kbyte	1.765,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	1.46.0+dfsg-2	1.257,1 kbyte	1.825,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	1.46.0+dfsg-2	1.256,0 kbyte	1.821,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	1.46.0+dfsg-2	1.253,6 kbyte	1.692,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	1.46.0+dfsg-2	1.257,6 kbyte	1.757,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	1.42.1+dfsg-1	1.256,3 kbyte	1.738,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	1.46.0+dfsg-2	1.239,5 kbyte	2.531,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	1.38.3+dfsg-1	1.258,9 kbyte	1.736,0 kbyte	[filförteckning]