Paquet : jellyfish (2.3.1-4 et autres)

[ Paquet source : jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

Autres paquets associés à jellyfish

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64, riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3 (>= 1.10) [ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

  dep: libhts3 (>= 1.17) [hppa]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [non hppa, ia64]

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-12) [ia64]

  count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-2+b1) [hppa]

  dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.1-4) [non hppa, ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non hppa, ia64]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger jellyfish

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.3.1-4	788,8 ko	2 526,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.3.1-4	708,1 ko	2 510,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.3.1-2+b1	682,7 ko	2 079,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.3.0-12	847,7 ko	5 022,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.3.1-4	665,6 ko	3 081,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.3.1-4	744,5 ko	2 894,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.3.1-4	755,4 ko	1 962,0 ko	[liste des fichiers]