Paquet : libjellyfish-2.0-2 (2.3.1-3 et autres)

[ Paquet source : jellyfish  ]

count k-mers in DNA sequences (dynamic library of jellyfish)

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This package contains the dynamic library the main executable of jellyfish is linked to.

Étiquettes: Rôle: Bibliothèque partagée

Autres paquets associés à libjellyfish-2.0-2

• dep: libc6 (>= 2.34) [hppa]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non hppa, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non hppa, ia64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non ia64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

Télécharger libjellyfish-2.0-2

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	2.3.1-3+b6	65,7 ko	205,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.3.1-3+b6	60,4 ko	221,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.3.1-2+b1	66,9 ko	208,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.3.0-12	75,2 ko	315,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.3.1-3+b6	60,6 ko	233,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.3.1-3+b6	69,5 ko	285,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.3.1-3+b6	64,5 ko	168,0 ko	[liste des fichiers]