Paquet : megadepth (1.2.0-4 et autres)

[ Paquet source : megadepth  ]

computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

A major concern for the interpretation of DNA and RNA (!) sequencing is the number of reads that cover a particular area. This package has interesting statistics for the distinction of coding and non-coding parts of the genome and knows how to interpret transcripts that span multiple exons.

This package is a successor of the program 'bamcount'.

Autres paquets associés à megadepth

• dep: libbigwig0t64 (>= 0.4.6)

  C library for handling bigWig files

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, arm64, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libcurl3t64-gnutls (>= 7.16.2) [sparc64]

  bibliothèque de transfert par URL côté client et simple d'utilisation - avec GnuTLS

• dep: libdeflate0 (>= 1.0) [sparc64]

  compression et décompression de tampon complet rapide basée sur DEFLATE

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [sparc64]

  Bibliothèque de compression - binaires

• sug: r-bioc-megadepth

  BioCOnductor BigWig and BAM related utilities

Télécharger megadepth

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.2.0-4+b1	78,4 ko	276,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.2.0-4+b1	81,0 ko	275,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.2.0-4+b2	72,4 ko	275,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.2.0-4+b1	70,9 ko	234,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.2.0-4+b1	72,5 ko	178,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.2.0-4+b1	80,2 ko	252,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.2.0-4+b1	84,1 ko	274,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.2.0-4+b1	99,7 ko	467,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.2.0-4+b1	71,9 ko	282,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.2.0-4+b1	81,5 ko	339,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.2.0-4+b1	83,3 ko	339,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.2.0-4+b2	79,8 ko	219,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.2.0-4+b1	82,1 ko	271,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.2.0-4+b1	91,8 ko	275,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.2.0-4+b1	70,2 ko	1 047,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.2.0-4+b1	83,8 ko	258,0 ko	[liste des fichiers]