Paketti: flye (2.9.5+dfsg-1 ja muut)

[ Source: flye  ]

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads, such as those produced by PacBio and Oxford Nanopore Technologies. It is designed for a wide range of datasets, from small bacterial projects to large mammalian-scale assemblies. The package represents a complete pipeline: it takes raw PacBio / ONT reads as input and outputs polished contigs. Flye also has a special mode for metagenome assembly.

Muut pakettiin flye liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei alpha, ia64, riscv64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ei ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-six

  Python 2 and 3 compatibility library

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi flye

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.9.5+dfsg-1	22,610.8 kt	37,052.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.9.5+dfsg-1	22,656.8 kt	36,930.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.9.5+dfsg-1	22,576.4 kt	36,729.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.9.3+dfsg2-1	22,763.6 kt	38,428.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.9.5+dfsg-1	22,574.7 kt	37,033.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.9.5+dfsg-1	22,638.8 kt	37,177.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.9.5+dfsg-1	22,648.1 kt	37,113.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.9.5+dfsg-1	22,636.1 kt	36,481.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	2.9.5+dfsg-1	22,685.9 kt	37,085.0 kt	[tiedostoluettelo]