Paket: flye (2.9.5+dfsg-1 und andere)

[ Quellcode: flye  ]

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads, such as those produced by PacBio and Oxford Nanopore Technologies. It is designed for a wide range of datasets, from small bacterial projects to large mammalian-scale assemblies. The package represents a complete pipeline: it takes raw PacBio / ONT reads as input and outputs polished contigs. Flye also has a special mode for metagenome assembly.

Andere Pakete mit Bezug zu flye

• dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, ia64, riscv64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-six

  Python 2 and 3 compatibility library

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

flye herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.9.5+dfsg-1	22.610,8 kB	37.052,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.9.5+dfsg-1	22.656,8 kB	36.930,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.9.5+dfsg-1	22.576,4 kB	36.729,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.9.3+dfsg2-1	22.763,6 kB	38.428,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.9.5+dfsg-1	22.574,7 kB	37.033,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.9.5+dfsg-1	22.638,8 kB	37.177,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.9.5+dfsg-1	22.648,1 kB	37.113,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.9.5+dfsg-1	22.636,1 kB	36.481,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.9.5+dfsg-1	22.685,9 kB	37.085,0 kB	[Liste der Dateien]