Paket: parsnp (2.0.6+dfsg-1 und andere)

[ Quellcode: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Andere Pakete mit Bezug zu parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nicht ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: mummer

  Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• dep: time

  GNU-Programm »time« zur Messung des CPU-Ressourcenverbrauchs

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

parsnp herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.0.6+dfsg-1	210,3 kB	2.011,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.0.6+dfsg-1	208,2 kB	1.958,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.0.6+dfsg-1	194,8 kB	1.946,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.0.6+dfsg-1	190,1 kB	1.905,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.0.6+dfsg-1	186,1 kB	1.829,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.0.6+dfsg-1	202,6 kB	1.915,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.0.6+dfsg-1	205,1 kB	1.949,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.0.5+dfsg-1	256,9 kB	2.246,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	2.0.6+dfsg-1	190,5 kB	1.929,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.0.6+dfsg-1	203,4 kB	2.019,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.0.6+dfsg-1	212,3 kB	2.010,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.0.6+dfsg-1	215,4 kB	2.010,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.0.6+dfsg-1	213,9 kB	1.870,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	2.0.6+dfsg-1	187,8 kB	1.950,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	2.0.6+dfsg-1	235,9 kB	1.946,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.0.6+dfsg-1	186,3 kB	2.654,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.0.6+dfsg-1	209,4 kB	1.941,0 kB	[Liste der Dateien]