套件：parsnp（2.1.3+dfsg-1 以及其他的）

[ 原始碼： parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

其他與 parsnp 有關的套件

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.38) [除 alpha, ia64, loong64, sh4]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC 支援函式庫

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU Standard C++ Library v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [除 ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• dep: time

  GNU time program for measuring CPU resource usage

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

下載 parsnp

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	2.1.3+dfsg-1	210。7 kB	2，012。0 kB	[檔案列表]
amd64	2.1.3+dfsg-1	209。3 kB	1，959。0 kB	[檔案列表]
arm64	2.1.3+dfsg-1	196。0 kB	1，947。0 kB	[檔案列表]
armel	2.1.3+dfsg-1	190。5 kB	1，946。0 kB	[檔案列表]
armhf	2.1.3+dfsg-1	187。1 kB	1，882。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	2.1.3+dfsg-1	203。5 kB	1，916。0 kB	[檔案列表]
i386	2.1.3+dfsg-1	205。7 kB	1，950。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	2.0.5+dfsg-1	256。9 kB	2，246。0 kB	[檔案列表]
loong64 （非官方移植版）	2.1.3+dfsg-1	203。3 kB	1，947。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	2.1.3+dfsg-1	191。4 kB	1，930。0 kB	[檔案列表]
mips64el	2.1.3+dfsg-1	205。3 kB	2，020。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	2.1.3+dfsg-1	212。8 kB	2，011。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	2.1.3+dfsg-1	216。2 kB	2，011。0 kB	[檔案列表]
riscv64	2.1.3+dfsg-1	214。3 kB	1，871。0 kB	[檔案列表]
s390x	2.1.3+dfsg-1	188。2 kB	1，951。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	2.1.3+dfsg-1	236。4 kB	1，947。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	2.1.3+dfsg-1	186。5 kB	2，655。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	2.1.3+dfsg-1	210。0 kB	1，942。0 kB	[檔案列表]