Balík: parsnp (2.0.6+dfsg-1 a iné)

[ Zdroj: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  podporná knižnica GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• dep: time

  program GNU time na meranie využitia zdrojov CPU

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Stiahnuť parsnp

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.0.6+dfsg-1	210.3 kB	2,011.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.0.6+dfsg-1	208.2 kB	1,958.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.0.6+dfsg-1	194.8 kB	1,946.0 kB	[zoznam súborov]
armel	2.0.6+dfsg-1	190.1 kB	1,905.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	2.0.6+dfsg-1	186.1 kB	1,829.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	2.0.6+dfsg-1	202.6 kB	1,915.0 kB	[zoznam súborov]
i386	2.0.6+dfsg-1	205.1 kB	1,949.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.0.5+dfsg-1	256.9 kB	2,246.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	2.0.6+dfsg-1	190.5 kB	1,929.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.0.6+dfsg-1	203.4 kB	2,019.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.0.6+dfsg-1	212.3 kB	2,010.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.0.6+dfsg-1	215.4 kB	2,010.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.0.6+dfsg-1	213.9 kB	1,870.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	2.0.6+dfsg-1	187.8 kB	1,950.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	2.0.6+dfsg-1	235.9 kB	1,946.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.0.6+dfsg-1	186.3 kB	2,654.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	2.0.6+dfsg-1	209.4 kB	1,941.0 kB	[zoznam súborov]