Paket: mummer (3.23+dfsg-8 und andere)

[ Quellcode: mummer  ]

Effizientes Sequenzalignment vollständiger Genome

MUMmer ist eine Umgebung für ein schnelles Alignment ganzer Genome, ob in endgültiger Form oder als noch unvollständiges Assembly. MUMmer 3.0 etwa findet alle exakten Übereinstimmungen von einer Länge von wenigstens 20 Basenpaaren zwischen einem Paar von 5 Megabyte Genomen in 13,7 Sekunden, mit einem Speicherbedarf von 78 MB auf einem 2,4GHz Linux Desktop-Computer. MUMmer kann auch unvollständige Genome alignen, es kann mit hunderten oder tausenden von sequenzierten Bereichen leicht umgehen, wie sie im Shotgun-Sequencing-Verfahren anfallen. Über das mitgelieferte Programm NUCmer sind Vergleiche zwischen zwei solcher Mengen von Sequenzen unterstützt. Sind die Spezies zu divergierend, dann kann das Programm PROCmer Alignments bestimmen, die auf den six-frame-Translationen beider Input-Sequenzen basieren.

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Implementiert in: implemented-in::c++, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::TODO, Unterstützt Formate: Reiner Text, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu mummer

• dep: gawk

  GNU awk, eine Mustererkennungs- und Verarbeitungssprache

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, arm64, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 11) [nicht arm64, riscv64]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

mummer herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	3.23+dfsg-8	654,6 kB	3.963,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.23+dfsg-8	646,2 kB	3.307,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.23+dfsg-8+b1	628,2 kB	3.827,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	3.23+dfsg-8	616,5 kB	3.745,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.23+dfsg-8	612,8 kB	3.361,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	3.23+dfsg-8	643,0 kB	3.175,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.23+dfsg-8	653,4 kB	3.297,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	3.23+dfsg-8	702,7 kB	4.138,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	3.23+dfsg-8	633,3 kB	3.193,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.23+dfsg-8	651,6 kB	4.009,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	3.23+dfsg-8	651,1 kB	4.083,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.23+dfsg-8	655,8 kB	4.019,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	3.23+dfsg-8+b1	648,4 kB	3.067,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	3.23+dfsg-8	622,6 kB	3.286,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	3.23+dfsg-8	655,9 kB	3.748,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	3.23+dfsg-8	621,6 kB	20.626,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	3.23+dfsg-8	643,1 kB	3.173,0 kB	[Liste der Dateien]