Paket: parsnp (2.0.6+dfsg-1 och andra)

[ Källkod: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Andra paket besläktade med parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.38) [ej alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  GNU standardbibliotek v3 för C++

  dep: libstdc++6 (>= 14) [ej ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• dep: time

  GNU time program for measuring CPU resource usage

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Hämta parsnp

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	2.0.6+dfsg-1	210,3 kbyte	2.011,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	2.0.6+dfsg-1	208,2 kbyte	1.958,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	2.0.6+dfsg-1	194,8 kbyte	1.946,0 kbyte	[filförteckning]
armel	2.0.6+dfsg-1	190,1 kbyte	1.905,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	2.0.6+dfsg-1	186,1 kbyte	1.829,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	2.0.6+dfsg-1	202,6 kbyte	1.915,0 kbyte	[filförteckning]
i386	2.0.6+dfsg-1	205,1 kbyte	1.949,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	2.0.5+dfsg-1	256,9 kbyte	2.246,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	2.0.6+dfsg-1	190,5 kbyte	1.929,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	2.0.6+dfsg-1	203,4 kbyte	2.019,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	2.0.6+dfsg-1	212,3 kbyte	2.010,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	2.0.6+dfsg-1	215,4 kbyte	2.010,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	2.0.6+dfsg-1	213,9 kbyte	1.870,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	2.0.6+dfsg-1	187,8 kbyte	1.950,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	2.0.6+dfsg-1	235,9 kbyte	1.946,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	2.0.6+dfsg-1	186,3 kbyte	2.654,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	2.0.6+dfsg-1	209,4 kbyte	1.941,0 kbyte	[filförteckning]