Pakiet: parsnp (2.1.3+dfsg-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Inne pakiety związane z parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, ia64, loong64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64, m68k]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [nie ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-numpy

  Biblioteka Pythona do obliczeń numerycznych (Python 3)

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych

• dep: time

  Program GNU time do pomiaru wykorzystania zasobów procesora

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Pobieranie parsnp

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	2.1.3+dfsg-1	210,7 KiB	2 012,0 KiB	[lista plików]
amd64	2.1.3+dfsg-1	209,3 KiB	1 959,0 KiB	[lista plików]
arm64	2.1.3+dfsg-1	196,0 KiB	1 947,0 KiB	[lista plików]
armel	2.1.3+dfsg-1	190,5 KiB	1 946,0 KiB	[lista plików]
armhf	2.1.3+dfsg-1	187,1 KiB	1 882,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	2.1.3+dfsg-1	203,5 KiB	1 916,0 KiB	[lista plików]
i386	2.1.3+dfsg-1	205,7 KiB	1 950,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	2.0.5+dfsg-1	256,9 KiB	2 246,0 KiB	[lista plików]
loong64 (port nieoficjalny)	2.1.3+dfsg-1	203,3 KiB	1 947,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	2.1.3+dfsg-1	191,4 KiB	1 930,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2.1.3+dfsg-1	205,3 KiB	2 020,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	2.1.3+dfsg-1	212,8 KiB	2 011,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2.1.3+dfsg-1	216,2 KiB	2 011,0 KiB	[lista plików]
riscv64	2.1.3+dfsg-1	214,3 KiB	1 871,0 KiB	[lista plików]
s390x	2.1.3+dfsg-1	188,2 KiB	1 951,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	2.1.3+dfsg-1	236,4 KiB	1 947,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	2.1.3+dfsg-1	186,5 KiB	2 655,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	2.1.3+dfsg-1	210,0 KiB	1 942,0 KiB	[lista plików]