Paket: miniasm (0.3+dfsg-4 und andere)

[ Quellcode: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Markierungen: Biologie: Nukleinsäuren, Feld: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, science::calculation, Zweck: Berechnen, use::comparing, works-with::biological-sequence

Andere Pakete mit Bezug zu miniasm

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.27) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

miniasm herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	0.3+dfsg-4	31,2 kB	83,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	0.3+dfsg-4	29,2 kB	71,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	0.3+dfsg-4+b1	27,2 kB	84,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	0.3+dfsg-4	27,7 kB	82,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	0.3+dfsg-4	26,3 kB	82,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	0.3+dfsg-4	29,3 kB	67,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	0.3+dfsg-4	31,2 kB	78,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	0.3+dfsg-4	38,2 kB	113,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	0.3+dfsg-4	25,9 kB	66,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	0.3+dfsg-4	29,7 kB	86,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	0.3+dfsg-4	32,3 kB	147,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	0.3+dfsg-4	31,9 kB	83,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	0.3+dfsg-4+b1	29,9 kB	60,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	0.3+dfsg-4	28,4 kB	70,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	0.3+dfsg-4	29,0 kB	82,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	0.3+dfsg-4	26,4 kB	1.044,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	0.3+dfsg-4	29,0 kB	70,0 kB	[Liste der Dateien]