Paketti: miniasm (0.3+dfsg-4 ja muut)

[ Source: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Tagit: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, User Interface: Command Line, Role: role::program, science::calculation, Purpose: Calculating, use::comparing, works-with::biological-sequence

Muut pakettiin miniasm liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.27) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Imuroi miniasm

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	0.3+dfsg-4	31.2 kt	83.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	0.3+dfsg-4	29.2 kt	71.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	0.3+dfsg-4+b1	27.2 kt	84.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	0.3+dfsg-4	27.7 kt	82.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	0.3+dfsg-4	26.3 kt	82.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	0.3+dfsg-4	29.3 kt	67.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	0.3+dfsg-4	31.2 kt	78.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	0.3+dfsg-4	38.2 kt	113.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	0.3+dfsg-4	25.9 kt	66.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	0.3+dfsg-4	29.7 kt	86.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	0.3+dfsg-4	32.3 kt	147.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	0.3+dfsg-4	31.9 kt	83.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	0.3+dfsg-4+b1	29.9 kt	60.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	0.3+dfsg-4	28.4 kt	70.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	0.3+dfsg-4	29.0 kt	82.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	0.3+dfsg-4	26.4 kt	1,044.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	0.3+dfsg-4	29.0 kt	70.0 kt	[tiedostoluettelo]