Pakiet: miniasm (0.3+dfsg-4 i inne)

[ Pakiet źródłowy: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Znaczniki: Biologia: Kwasy nukleinowe, Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Interfejs użytkownika: Wiersz poleceń, Rola: role::program, science::calculation, Przeznaczenie: Obliczanie, use::comparing, works-with::biological-sequence

Inne pakiety związane z miniasm

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.27) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: minimap

  Narzędzie do przybliżonego mapowania długich biosekwencji, takich jak odczyty DNA

Pobieranie miniasm

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	0.3+dfsg-4	31,2 KiB	83,0 KiB	[lista plików]
amd64	0.3+dfsg-4	29,2 KiB	71,0 KiB	[lista plików]
arm64	0.3+dfsg-4+b1	27,2 KiB	84,0 KiB	[lista plików]
armel	0.3+dfsg-4	27,7 KiB	82,0 KiB	[lista plików]
armhf	0.3+dfsg-4	26,3 KiB	82,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	0.3+dfsg-4	29,3 KiB	67,0 KiB	[lista plików]
i386	0.3+dfsg-4	31,2 KiB	78,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	0.3+dfsg-4	38,2 KiB	113,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	0.3+dfsg-4	25,9 KiB	66,0 KiB	[lista plików]
mips64el	0.3+dfsg-4	29,7 KiB	86,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	0.3+dfsg-4	32,3 KiB	147,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	0.3+dfsg-4	31,9 KiB	83,0 KiB	[lista plików]
riscv64	0.3+dfsg-4+b1	29,9 KiB	60,0 KiB	[lista plików]
s390x	0.3+dfsg-4	28,4 KiB	70,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	0.3+dfsg-4	29,0 KiB	82,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	0.3+dfsg-4	26,4 KiB	1 044,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	0.3+dfsg-4	29,0 KiB	70,0 KiB	[lista plików]