Пакет: miniasm (0.3+dfsg-4 и другие)

[ Источник: miniasm  ]

ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

Miniasm is an experimental very fast OLC-based de novo assembler for noisy long reads. It takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. Different from mainstream assemblers, miniasm does not have a consensus step. It simply concatenates pieces of read sequences to generate the final unitig sequences. Thus the per-base error rate is similar to the raw input reads.

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c, Пользовательский интерфейс: Командная строка, Роль: role::program, science::calculation, Цель: Вычислительный, use::comparing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к miniasm

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.35) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.27) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• rec: minimap

  tool for approximate mapping of long biosequences such as DNA reads

Загрузка miniasm

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	0.3+dfsg-4	31,2 Кб	83,0 Кб	[список файлов]
amd64	0.3+dfsg-4	29,2 Кб	71,0 Кб	[список файлов]
arm64	0.3+dfsg-4+b1	27,2 Кб	84,0 Кб	[список файлов]
armel	0.3+dfsg-4	27,7 Кб	82,0 Кб	[список файлов]
armhf	0.3+dfsg-4	26,3 Кб	82,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	0.3+dfsg-4	29,3 Кб	67,0 Кб	[список файлов]
i386	0.3+dfsg-4	31,2 Кб	78,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	0.3+dfsg-4	38,2 Кб	113,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	0.3+dfsg-4	25,9 Кб	66,0 Кб	[список файлов]
mips64el	0.3+dfsg-4	29,7 Кб	86,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	0.3+dfsg-4	32,3 Кб	147,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	0.3+dfsg-4	31,9 Кб	83,0 Кб	[список файлов]
riscv64	0.3+dfsg-4+b1	29,9 Кб	60,0 Кб	[список файлов]
s390x	0.3+dfsg-4	28,4 Кб	70,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	0.3+dfsg-4	29,0 Кб	82,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	0.3+dfsg-4	26,4 Кб	1 044,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	0.3+dfsg-4	29,0 Кб	70,0 Кб	[список файлов]