Package: trinityrnaseq (2.15.2+dfsg-1 and others)

[ Source: trinityrnaseq  ]

RNA-Seq De novo Assembly

Trinity repræsenterer en hidtil ukendt fremgangsmåde til effektiv og robust de novo-rekonstruktion af transkriptomer fra RNA-seq-data. Trinity kombinerer tre uafhængige programmoduler: Inchworm, Chrysalis, og Butterfly, anvendt sekventielt til at behandle store mængder af RNA-seq-læsninger. Trinity partitionerer sekvensdata i mange individuelle de Bruijn-grafer, der hver repræsenterer transkriptionel kompleksitet ved et givet gen eller locus, og derefter behandler hver graf uafhængigt for at udvinde fuld længde-isoformer ved splejsning og drille aparte transkripter afledt af paraloge gener.

Other Packages Related to trinityrnaseq

• dep: berkeley-express

  Strømkvantificering til sekventering med høj gennemløb

• dep: bowtie

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: default-jre-headless

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid - uden skærm

• dep: jaligner

  Smith-Waterman-algoritme med Gotohs forbedring

• dep: jellyfish

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser

• dep: kallisto

  Næsten optimal RNA-Seq-kvantificering

• dep: libc6 (>= 2.34) [m68k, ppc64, sparc64, x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgetopt-java

  GNU getopt - Javaport

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts3 (>= 1.17) [not amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libjung-free-java

  Java Universal Network/Graph Framework

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [amd64, arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: liburi-perl

  modul til at manipulere og tilgå URI-strenge

• dep: libwww-perl

  Simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: parafly

  Parallel kommandobehandling via OpenMP

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3

• dep: python3-htseq

  Python 3-redskaber til høj-gennemløb læseanalyse af genomsekventeringer

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: rsem

  RNA-Seq ved Expectation-Maximization

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: subread

  Værktøjssæt til at behandle næstegen. sekvensdata

• dep: trimmomatic

  Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: curl

  Kommandolinjeværktøj for overførsel af data med adressesyntaks

• rec: gmap

  Opdelt og SNP-overholdende justering for mRNA og korte læsninger

• rec: hisat2

  Grafbaseret sammenligning af korte nukleoide læsninger for mange genomer

• rec: picard-tools

  Kommandolinjeværktøjer til at manipulere SAM- og BAM-filer

• rec: python3-hisat2

  Pythonskripter der følger med hisat2

• rec: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• rec: r-bioc-biobase

  Grundlæggende funktioner for Bioconductor

• rec: r-bioc-ctc

  Klynge- og trækonvertering

• rec: r-bioc-deseq2

  R-pakke for RNS-Seq-differentiel udtryksanalyse

• rec: r-bioc-dexseq

  GNU R inference of differential exon usage in RNA-Seq

• rec: r-bioc-edger

  Empirisk analyse af digitale gen-udtryksdata i R

• rec: r-bioc-goseq

  GNU r-genontologianalyseprogram for RNA-seq og andre længdeforstyrrede data

• rec: r-bioc-qvalue

  GNU R-pakke for Q-værdiestimering for FDR-kontrol

• rec: r-bioc-rots

  GNU R-reproducerbarhedsoptimeret teststatistik

• rec: r-cran-ape

  GNU R-pakke for Analyses of Phylogenetics and Evolution

• rec: r-cran-argparse

  GNU R-kommandolinjefortolker for valgfrie og positionelle argumenter

• rec: r-cran-cluster

  GNU R-pakke for klyngeanalyse af Rousseeuw et al

• rec: r-cran-fastcluster

  Hurtige hierarkiske klyngerutiner for GNU R

• rec: r-cran-goplot

  GNU R - visualiering af funktionelle analysedata

• rec: r-cran-gplots

  GNU R-pakke med værktøjer for plot af data af Greg Warnes m.fl.

• rec: r-cran-kernsmooth

  GNU R-pakke for kerneblødgørelse og tæthedsestimering

• rec: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• rec: r-cran-tidyverse

  Easily Install and Load the 'Tidyverse'

• rec: rna-star

  Ultrahurtig univerel RNA-seq-sammenligningsprogram

• rec: salmon

  Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data

• rec: tabix

  Generisk indeksprogram for TAB-afgrænsede arvemassepositionsfiler

• rec: trinityrnaseq-examples

  NA-Seq De novo Assembly - fælles eksempel- og testfiler

• sug: collectl

  Redskab til at indsamle ydelsesdata for Linux

• sug: r-bioc-tximport

  Estimater på transkriptniveau for biologisk sekventering

• sug: r-bioc-tximportdata

  GNU R various transcript abundance quantifiers

• sug: transdecoder

  Find kodningsregioner i RNA-transkriptsekvenser

Download trinityrnaseq

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	2.15.1+dfsg-2	1,656.3 kB	8,135.0 kB	[list of files]
amd64	2.15.2+dfsg-1	1,696.9 kB	7,531.0 kB	[list of files]
arm64	2.15.2+dfsg-1	1,622.4 kB	7,755.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	2.15.1+dfsg-2	1,717.4 kB	9,611.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	2.15.1+dfsg-2	1,654.5 kB	7,399.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	2.15.1+dfsg-2	1,664.4 kB	8,572.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.15.2+dfsg-1	1,672.4 kB	8,267.0 kB	[list of files]
riscv64	2.15.2+dfsg-1	1,663.5 kB	6,803.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	2.15.1+dfsg-2	1,726.5 kB	7,736.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	2.15.1+dfsg-2	1,576.3 kB	18,081.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	2.15.1+dfsg-2	1,676.7 kB	7,287.0 kB	[list of files]