Package: kallisto (0.48.0+dfsg-4 and others)

[ Source: kallisto  ]

Næsten optimal RNA-Seq-kvantificering

Kallisto er et program til at kvantificere mængder af transskriptioner fra RNA-Seq-data, eller mere generelt af målsekvenser, der anvender sekvenslæsning med høj gennemløb. Det er baseret på den nye ide om pseudosammenligning for hurtigt at bestemme kompatibiliteten af aflæsninger med mål, uden behov for ensretning. På sammenligninger med RNA-Seq-standarddata kan kallisto kvantificere 30 millioner menneskelige læsninger på mindre end 3 minutter på en Mac-stationær computer, der kun bruger læsesekvenserne og et transkriptomindeks som i sig selv tager mindre end 10 minutter at bygge. Pseudojustering af læser bevarer de nødvendige nøgleoplysninger til kvantificering, og kallisto er derfor ikke kun hurtig, men også lige så præcis som eksisterende kvantificeringsværktøjer. Faktisk, fordi pseudosammenligningsproceduren er robust over for fejl i læsningerne, i mange sammenligninger udkonkurrerer kallisto eksisterende værktøjer.

Other Packages Related to kallisto

• dep: libc6 (>= 2.29) [hppa, m68k, x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [amd64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libhts3 (>= 1.10) [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libhts3t64 (>= 1.17) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, ia64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 6) [hppa, m68k, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download kallisto

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.48.0+dfsg-4	262.0 kB	918.0 kB	[list of files]
amd64	0.48.0+dfsg-4+b1	279.7 kB	805.0 kB	[list of files]
arm64	0.48.0+dfsg-4+b2	250.3 kB	789.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.46.2+dfsg-3	238.2 kB	676.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.48.0+dfsg-2	347.0 kB	1,520.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.46.2+dfsg-3	228.3 kB	656.0 kB	[list of files]
mips64el	0.48.0+dfsg-4+b3	239.4 kB	883.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.48.0+dfsg-4+b1	280.0 kB	981.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.48.0+dfsg-4+b1	284.1 kB	917.0 kB	[list of files]
riscv64	0.48.0+dfsg-4+b2	270.6 kB	625.0 kB	[list of files]
s390x	0.48.0+dfsg-4+b1	280.6 kB	833.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.46.2+dfsg-3	282.5 kB	633.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.48.0+dfsg-4+b1	229.7 kB	1,050.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.46.2+dfsg-3	233.0 kB	644.0 kB	[list of files]