Package: berkeley-express (1.5.3+dfsg-3 and others)

[ Source: berkeley-express  ]

Strømkvantificering til sekventering med høj gennemløb

EXpress er et strømværktøj til kvantificering af mængderne af et sæt målrettet sekvenser fra stikprøveundersekvenser. Eksempler på programmer omfatter transkript-plan RNA-Seq-kvantificering, allele-specifik/haplotype udtryksanalyse (fra RNA-Seq), transskriptionsfaktorbindende kvantificering chip-Seq, og analyse af metagenomisk data. Det er baseret på en net-EM algoritme, der resulterer i rumkrav (hukommelse) proportionale med den samlede størrelse af målsekvenser og tidskrav, der er proportionale med antallet af stikprøvefragmenter. I programmer såsom RNA-Seq kan eXpress udtryk nøjagtigt kvantificere meget større prøver end andre aktuelt tilgængelige værktøjer, hvilket reducerer beregningskrav til infrastruktur. EXpress kan bruges til at opbygge lette sekventerende behandlingsdatakanaler med høj gennemløb, når kombineret med en strømudjævner (såsom Bowtie), da uddata kan ledes direkte ind i eXpress, hvilket effektivt fjerner behovet for at gemme læsningstilpasninger i hukommelsen eller på disken.

I en analyse af resultaterne af Express til RNA-Seq data, var det observeret, at denne effektivitet ikke kommer på en bekostning af præcision. EXpress er mere præcis end andre tilgængelige værktøjer, selv når begrænset til mindre datasæt, der ikke kræver en sådan effektivitet. Desuden, ligesom Cufflinks-programmet, kan udtrykket bruges til at estimere udskriftsmængderne i multi-isoform-gener. EXpress er også i stand til at løse flerkortlægninger af læsninger på tværs af genfamilier, og kræver ikke en henvisning til genomet således at det kan anvendes i forbindelse med de novo-montører såsom Trinity, Oaser eller Trans-afgrunden. Den underliggende model er baseret på tidligere beskrevne sandsynlighedsmodeller udviklet for RNA-Seq men kan anvendes til andre miljøer, hvor stikprøvemålsekvenserne, og indeholder parametre for længdefragmentdistributioner, fejl i læsninger, og sekvens-specifik fragmentbias.

EXpress kan bruges til at løse tvetydige tilknytninger i andre sekventeringsbaserede programmer med høj gennemløb. Det eneste, der kræves af inddata er at udtrykke et sæt af målsekvenser og et sæt af sekventerede fragmenter multiply-aligned for dem. Mens disse målsekvenser ofte vil være gen-isoformer, behøver de ikke at være det. Haplotyper kan anvendes som referencepriser for allele-specifik udtryksanalyse, bindende regioner for Chip-Seq, eller målgenomer i metagenomet-eksperimenter. EXpress er anvendelige i analyser, hvor der læses multi-kort til sekvenser, der afviger i stor grad.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, User Interface: Command Line, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to berkeley-express

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libboost-atomic1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  atomic data types, operations, and memory ordering constraints

• dep: libboost-date-time1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  sæt af dato-tid biblioteker baseret på generiske programmeringskoncepter

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  Filsystemhandlinger (flytbare stier, iteration over mappere etc.) i C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  bibliotek til operativsystem (eksempelvis diagnostisk understøttelse)

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  flytbar C++-flertrådning

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, sh4, x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libprotobuf17 [ia64]

  Protokolbuffere - C++-bibliotek

• dep: libprotobuf23 (>= 3.12.4) [alpha]

  Protokolbuffere - C++-bibliotek

• dep: libprotobuf32t64 (>= 3.21.12) [not alpha, ia64]

  Protokolbuffere - C++-bibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, arm64, x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• rec: med-config

  Debian Med - generel konfigurationspakke

Download berkeley-express

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.5.3+dfsg-3+b3	229.6 kB	927.0 kB	[list of files]
amd64	1.5.3+dfsg-3+b3	227.1 kB	759.0 kB	[list of files]
arm64	1.5.3+dfsg-3+b4	213.2 kB	795.0 kB	[list of files]
armel	1.5.3+dfsg-3+b3	195.7 kB	690.0 kB	[list of files]
armhf	1.5.3+dfsg-3+b3	190.6 kB	530.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.5.3+dfsg-3+b4	215.8 kB	759.0 kB	[list of files]
i386	1.5.3+dfsg-3+b3	231.5 kB	750.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.5.3+dfsg-3+b3	260.3 kB	1,389.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.5.3+dfsg-3+b3	218.5 kB	762.0 kB	[list of files]
mips64el	1.5.3+dfsg-3+b3	220.3 kB	1,071.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.5.3+dfsg-3+b3	218.4 kB	987.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.5.3+dfsg-3+b3	218.4 kB	859.0 kB	[list of files]
riscv64	1.5.3+dfsg-3+b2	236.5 kB	671.0 kB	[list of files]
s390x	1.5.3+dfsg-3+b3	225.3 kB	791.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.5.3+dfsg-3+b3	246.1 kB	731.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.5.3+dfsg-3+b3	234.6 kB	1,060.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.5.3+dfsg-3+b4	230.0 kB	710.0 kB	[list of files]