Package: trinityrnaseq (2.6.6+dfsg-6)

[ Source: trinityrnaseq  ]

RNA-Seq De novo Assembly

Trinity repræsenterer en hidtil ukendt fremgangsmåde til effektiv og robust de novo-rekonstruktion af transkriptomer fra RNA-seq-data. Trinity kombinerer tre uafhængige programmoduler: Inchworm, Chrysalis, og Butterfly, anvendt sekventielt til at behandle store mængder af RNA-seq-læsninger. Trinity partitionerer sekvensdata i mange individuelle de Bruijn-grafer, der hver repræsenterer transkriptionel kompleksitet ved et givet gen eller locus, og derefter behandler hver graf uafhængigt for at udvinde fuld længde-isoformer ved splejsning og drille aparte transkripter afledt af paraloge gener.

Other Packages Related to trinityrnaseq

• dep: berkeley-express

  Strømkvantificering til sekventering med høj gennemløb

• dep: bowtie

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: curl

  Kommandolinjeværktøj for overførsel af data med adressesyntaks

• dep: default-jre-headless

  Standardjava eller Javakompatibel kørselstid - uden skærm

• dep: jaligner

  Smith-Waterman-algoritme med Gotohs forbedring

• dep: jellyfish

  Tæl k-mers i DNA-sekvenser

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcommons-collections4-java

  Apache Commons Collections - Extended Collections API for Java

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgetopt-java

  GNU getopt - Javaport

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhts2 (>= 1.0)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libjung-free-java

  Java Universal Network/Graph Framework

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libwww-perl

  Simpel og konsistent grænseflade til World Wide Web

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: parafly

  Parallel kommandobehandling via OpenMP

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3-numpy

  Hurtig tabelfacilitet til Python 3-sproget

• dep: r-base-core

  GNU R-kerne af statistisk beregning og grafiksystem

• dep: r-bioc-qvalue

  GNU R-pakke for Q-værdiestimering for FDR-kontrol

• dep: r-cran-cluster

  GNU R-pakke for klyngeanalyse af Rousseeuw et al

• dep: rsem

  RNA-Seq ved Expectation-Maximization

• dep: salmon

  Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: transdecoder

  Find kodningsregioner i RNA-transkriptsekvenser

• dep: trimmomatic

  Fleksibelt værktøj til læsetrimning af Illumina NGS-data

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: trinityrnaseq-examples

  NA-Seq De novo Assembly - fælles eksempel- og testfiler

• sug: collectl

  Redskab til at indsamle ydelsesdata for Linux

Download trinityrnaseq

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,794.9 kB	8,883.0 kB	[list of files]