Package: t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 and others)

[ Source: t-coffee  ]

Flersekvensjustering

T-Coffee er en pakke for flersekvensjustering. Givet et sæt af sekvenser (proteiner eller DNA) opretter T-Coffee en flersekvensjustering. Version 2.00 og højere kan mikse sekvenser og strukturer.

T-Coffee tillader kombinationen af flere/parvise, globale eller lokale justeringer i en enkel model. Programmet kan også estimere konsistensniveauet for hver placering i den nye justering med resten af justeringen. Se pre-print for yderligere information.

T-Coffee har en variant kaldet M-Coffee som gør det muligt at kombinere uddata af mange flersekvensjusteringspakker. I sin udgivet version bruger den MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA og T-Coffee. En speciel version er blevet lavet for Debian, DM-Coffee, som kun bruger frie programmer ved at erstatte Clustal W med Kalign. Brug af 8 Methods for M-Coffee kan undertiden være ret tungt. Du kan bruge et undersæt af dine favoritmetoder, hvis du foretrækker dette.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to t-coffee

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, sh4]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [arm64, riscv64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [not arm64, riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• rec: amap-align

  Proteinflerjustering af sekvensudglødning

• rec: clustalo

  Alment sekvenssammenligningsprogram for proteiner

• rec: clustalw

  Global nukleotid eller peptid sekvensjustering

• rec: dialign-tx

  Segmentbaseret flersekvensjustering

• rec: fsa

  Hurtig statistisk sammenligning af protein-, RNA- eller DNA-sekvenser

• rec: kalign

  Global og progressiv flersekvensjustering

• rec: libsoap-lite-perl

  Perlimplementering af en SOAP-klient og -server

• rec: libxml-simple-perl

  Perlmodul for læsning og skrivning af XML

• rec: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• rec: muscle

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• rec: mustang

  Strukturel justering på flere måder af proteiner

• rec: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• rec: poa

  Partial Order Alignment for flere sekvenssammenligninger

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: probcons

  Flersekvens-sammenstilling baseret på probabilistisk konsistens (PROBabilistic CONSistency)

• rec: proda

  multi-sammenligning af protein-sekvenser

• rec: tm-align

  Strukturel sammenligning af proteiner

• sug: boxshade

  Pæn udskrift af flere sekvensersammenstillinger

• sug: seaview

  Grænseflade til flere platforme for sekvenssammenligning og fylogeni

• sug: t-coffee-examples

  Annoterede eksempler for brug af T-Coffee

Download t-coffee

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	997.0 kB	3,340.0 kB	[list of files]
amd64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,007.5 kB	2,715.0 kB	[list of files]
arm64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1+b1	914.7 kB	2,699.0 kB	[list of files]
armel	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	846.5 kB	2,569.0 kB	[list of files]
armhf	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	857.3 kB	1,929.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	910.9 kB	2,720.0 kB	[list of files]
i386	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,010.5 kB	3,033.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,208.2 kB	5,405.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	893.9 kB	2,825.0 kB	[list of files]
mips64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	950.6 kB	3,380.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,020.1 kB	3,466.0 kB	[list of files]
ppc64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,063.4 kB	3,402.0 kB	[list of files]
riscv64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1+b1	996.7 kB	2,295.0 kB	[list of files]
s390x	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	921.2 kB	2,974.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,073.0 kB	2,570.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	835.5 kB	3,150.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1,010.6 kB	2,710.0 kB	[list of files]