Paquet : t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : t-coffee  ]

alignement multiple de séquences

T-Coffee est un programme d'alignement multiple de séquences. À partir d'un ensemble de séquences (protéines ou ADN), T-Coffee crée un alignement multiple. Les versions 2.00 et supérieures peuvent mélanger les séquences et les structures.

T-Coffee permet la combinaison de collection d'alignements multiples ou par paires de séquences, globaux ou locaux, dans un modèle unique. Il peut aussi estimer le niveau de cohérence de chaque position dans le nouvel alignement avec les autres alignements. Veuillez vous référer à l'épreuve incluse pour plus d'informations.

T-Coffee dispose d'une variante appelée M-Coffee qui permet la combinaison de sorties de nombreux paquets d'alignement de séquences. Dans sa version publiée, il utilise MUSCLE, PROBCONS, POA, DiAlign-TS, MAFFT, Clustal W, PCMA et T-Coffee. Une version spéciale, DM-Coffee, a été faite pour Debian. Cette version n'utilise que des logiciels libres grâce au remplacement de Clustal W par Kalign. L'utilisation des huit méthodes proposées par M-Coffee peut parfois s'avérer lourde. Il est néanmoins possible de n'en utiliser qu'un sous-ensemble de son choix.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Bio-informatique, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, use::comparing, Format pris en charge: Étiquette supplémentaire nécessaire, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Autres paquets associés à t-coffee

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.36) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, sh4]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [riscv64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [non riscv64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• rec: amap-align

  alignement multiple de séquences protéiques par appariement

• rec: clustalo

  programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

• rec: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• rec: dialign-tx

  alignement séquentiel multiple basé sur les segments

• rec: fsa

  Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences

• rec: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

• rec: libsoap-lite-perl

  Perl implementation of a SOAP client and server

• rec: libxml-simple-perl

  Perl module for reading and writing XML

• rec: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• rec: muscle

  programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: mustang

  alignement structurel multiple de protéines

• rec: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• rec: poa

  alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences

• rec: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• rec: probcons

  alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste

• rec: proda

  Alignement multiple de séquences protéiques

• rec: tm-align

  alignement structurel de protéines

• sug: boxshade

  Rendu élégant d'alignements multiples de séquences

• sug: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

• sug: t-coffee-examples

  exemples annotés pour l'utilisation de T-Coffee

Télécharger t-coffee

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	997,0 ko	3 340,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 007,5 ko	2 715,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	894,1 ko	2 634,0 ko	[liste des fichiers]
armel	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	846,5 ko	2 569,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	857,3 ko	1 929,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	910,9 ko	2 720,0 ko	[liste des fichiers]
i386	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 010,5 ko	3 033,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 208,2 ko	5 405,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	893,9 ko	2 825,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	950,6 ko	3 380,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 020,1 ko	3 466,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 063,4 ko	3 402,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1+b1	996,7 ko	2 295,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	921,2 ko	2 974,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 073,0 ko	2 570,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	835,5 ko	3 150,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1	1 010,6 ko	2 710,0 ko	[liste des fichiers]