Package: mummer (3.23+dfsg-8)

[ Source: mummer  ]

Effektiv sekvensjustering for hele genomer

MUMmer er et system til hurtig justering af hele genomer, uanset om det er i komplet eller udkastform. For eksempel kan MUMmer 3.0 finde alle eksakte sammenfald for 20-basepar eller længere mellem et par af 5-megabase genomer på 13,7 sekunder, med brug af 78MB hukommelse, på en stationær 2,4GHz Linux-maskine. MUMmer kan også justere genomer som ikke er komplette; den håndterer de hundrede- eller tusindevis af »contig'er« fra et »shotgun«- sekventeringsprojekt med lethed, og vil justere dem til et andet sæt af »contig'er« eller et genom med brug af NUCmer-programmet som er inkluderet i systemet. Hvis arterne er for divergerende til registrering af lighed gennem DNA-sekvensjustering, så kan PROmer-programmet danne justeringer baseret på »six-frame«-oversættelser af begge input-sekvenser.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Other Packages Related to mummer

• dep: gawk

  GNU awk, et mønsterscannings- og mønsterbehandlingssprog

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

Download mummer

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	646.2 kB	3,307.0 kB	[list of files]
arm64	621.2 kB	3,826.0 kB	[list of files]
armel	616.5 kB	3,745.0 kB	[list of files]
armhf	612.8 kB	3,361.0 kB	[list of files]
i386	653.4 kB	3,297.0 kB	[list of files]
mips64el	651.6 kB	4,009.0 kB	[list of files]
mipsel	648.8 kB	3,985.0 kB	[list of files]
ppc64el	655.8 kB	4,019.0 kB	[list of files]
s390x	622.6 kB	3,286.0 kB	[list of files]