Package: jellyfish1 (1.1.11-10 and others)

[ Source: jellyfish1  ]

Tæl k-mers i DNA-sekvenser

JELLYFISH er et værktøj for hurtig, hukommelseseffektiv optælling af k-mers i DNA. En k-mer er en understreng med længden k, og optælling af forekomsterne af alle sådanne understrenge er et centralt trin i mange analyser af DNA-sekvenser. JELLYFISH kan optælle k-mers via en i størrelsesorden mindre brug af hukommelse og via en i størrelsesorden større hurtighed end andre k-mer optællingspakker ved at bruge en effektiv kodning af en hashtabel og ved at udnytte cpu-instruktionen »compare-and- swap« til at øge parallelisme.

JELLYFISH er et program for kommandolinjen, som læser FASTA- og multi- FASTA-filer indeholdende DNA-sekvenser. Den fremstiller sin k-mer- optælling i et binært format, som kan oversættes til et læsevenligt tekstformat via kommandoen »jellyfish dump«.

Dette er den seneste version af 1.x-serien af jellyfish, som bruges af nogle andre programmer, som ikke er kompatible med version 2.x, som tilbydes i pakken jellyfish.

Other Packages Related to jellyfish1

• dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64, x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, hppa, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not alpha, ppc64, sparc64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• enh: kraken

  Tildeling af taksonomiske etiketter til korte DNA-sekvenser

Download jellyfish1

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.1.11-7	134.2 kB	719.0 kB	[list of files]
amd64	1.1.11-10	137.3 kB	660.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.11-10	129.9 kB	684.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.1.11-10	156.0 kB	678.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.1.11-9	148.7 kB	939.0 kB	[list of files]
loong64 (unofficial port)	1.1.11-10	122.6 kB	684.0 kB	[list of files]
mips64el	1.1.11-10	131.9 kB	774.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.1.11-7	136.8 kB	748.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.1.11-10	137.3 kB	748.0 kB	[list of files]
riscv64	1.1.11-10	124.2 kB	584.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.1.11-7	120.6 kB	644.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.1.11-7	134.5 kB	615.0 kB	[list of files]