Package: nanopolish (0.14.0-1)

[ Source: nanopolish  ]

Konsensuskalder for nanopore-sekvensdata

Nanoplish bruger en skjult Markovmodel på signalniveau til konsensuskald af nanospores genomsekvensdata. Programmet kan udføre analyse på signalniveau for Oxford Nanopore-sekvensdata. Nanopolish kan beregne en forbedret konsensussekvens for en kladdegenomsamling, registrere baseændringer, kalde SNP'er og indels med respekt for et referencegenom med mere.

Other Packages Related to nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C-kørselstidsfiler - seriel version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-bibliotek for høj-gennemløb sekvensdataformater

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  Hurtig heltalskompression i C via StreamVByte-kodningen

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• rec: python3-pysam

  Grænseflade for SAM/BAM-sekvenssammenligning og oversættelsesformatet - Python 3

• sug: make

  Redskab til at dirigere kompileringen

• sug: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

Download nanopolish

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2,150.9 kB	9,355.0 kB	[list of files]
arm64	2,084.4 kB	9,218.0 kB	[list of files]
armel	2,082.3 kB	9,345.0 kB	[list of files]
armhf	2,096.9 kB	8,961.0 kB	[list of files]
i386	2,167.9 kB	9,441.0 kB	[list of files]
mips64el	2,110.5 kB	9,655.0 kB	[list of files]
mipsel	2,128.5 kB	9,647.0 kB	[list of files]
ppc64el	2,159.1 kB	9,667.0 kB	[list of files]