Pakiet: nanopolish (0.14.0-1)

[ Pakiet źródłowy: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Inne pakiety związane z nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

• rec: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  Narzędzie do zarządzania procesem kompilacji

• sug: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

Pobieranie nanopolish

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	2 150,9 KiB	9 355,0 KiB	[lista plików]
arm64	2 084,4 KiB	9 218,0 KiB	[lista plików]
armel	2 082,3 KiB	9 345,0 KiB	[lista plików]
armhf	2 096,9 KiB	8 961,0 KiB	[lista plików]
i386	2 167,9 KiB	9 441,0 KiB	[lista plików]
mips64el	2 110,5 KiB	9 655,0 KiB	[lista plików]
mipsel	2 128,5 KiB	9 647,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	2 159,1 KiB	9 667,0 KiB	[lista plików]