Paket: nanopolish (0.14.0-1)

[ Quellcode: nanopolish  ]

consensus caller for nanopore sequencing data

Nanopolish uses a signal-level hidden Markov model for consensus calling of nanopore genome sequencing data. It can perform signal-level analysis of Oxford Nanopore sequencing data. Nanopolish can calculate an improved consensus sequence for a draft genome assembly, detect base modifications, call SNPs and indels with respect to a reference genome and more.

Andere Pakete mit Bezug zu nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [amd64, arm64, i386, mips64el]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhdf5-103-1

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C-Bibliothek für Hochdurchsatz-Sequenzierungsdatenformate

• dep: libslow5-0 (>= 0.5.1+dfsg)

  library for reading & writing SLOW5 files

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: libstreamvbyte0 (>= 0.4.1)

  fast integer compression in C using the StreamVByte codec

• dep: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: python3-biopython

  Python-3-Bibliothek für die Bioinformatik

• rec: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• sug: make

  Werkzeug zur Steuerung der Kompilierung

• sug: perl

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

nanopolish herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	2.150,9 kB	9.355,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.084,4 kB	9.218,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	2.082,3 kB	9.345,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	2.096,9 kB	8.961,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	2.167,9 kB	9.441,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.110,5 kB	9.655,0 kB	[Liste der Dateien]
mipsel	2.128,5 kB	9.647,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.159,1 kB	9.667,0 kB	[Liste der Dateien]