套件：bifrost（1.3.1-1 以及其他的）

[ 原始碼： bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

其他與 bifrost 有關的套件

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, arm64, ia64]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 函式庫：共用函式庫
  同時作為一個虛擬套件由這些套件填實： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [除 alpha, ia64, riscv64, sparc64]

  GCC 支援函式庫

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  壓縮函式庫 - 跑程式時用(runtime)

下載 bifrost

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	1.3.1-1	481。4 kB	1，305。0 kB	[檔案列表]
amd64	1.3.1-1	500。0 kB	1，222。0 kB	[檔案列表]
arm64	1.3.1-1+b1	486。1 kB	1，175。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	1.3.1-1	563。5 kB	1，966。0 kB	[檔案列表]
mips64el	1.3.1-1	462。5 kB	1，326。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.3.1-1	504。8 kB	1，366。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	1.3.1-1	510。8 kB	1，366。0 kB	[檔案列表]
riscv64	1.3.1-1	505。7 kB	1，006。0 kB	[檔案列表]
s390x	1.3.1-1	510。2 kB	1，273。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.3.1-1	468。5 kB	1，311。0 kB	[檔案列表]