Paketti: bifrost (1.3.1-1 ja muut)

[ Source: bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Muut pakettiin bifrost liittyvät paketit

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, arm64, ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei alpha, ia64, riscv64, sparc64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi bifrost

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	1.3.1-1	481.4 kt	1,305.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	1.3.1-1	500.0 kt	1,222.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	1.3.1-1+b1	486.1 kt	1,175.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	1.3.1-1	563.5 kt	1,966.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	1.3.1-1	462.5 kt	1,326.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	1.3.1-1	504.8 kt	1,366.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	1.3.1-1	510.8 kt	1,366.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	1.3.1-1	505.7 kt	1,006.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	1.3.1-1	510.2 kt	1,273.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	1.3.1-1	468.5 kt	1,311.0 kt	[tiedostoluettelo]