Пакет: bifrost (1.3.1-1 и другие)

[ Источник: bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Другие пакеты, относящиеся к bifrost

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

• dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, arm64, ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не alpha, ia64, riscv64, sparc64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка bifrost

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.3.1-1	481,4 Кб	1 305,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.3.1-1	500,0 Кб	1 222,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.3.1-1+b1	486,1 Кб	1 175,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.3.1-1	563,5 Кб	1 966,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.3.1-1	462,5 Кб	1 326,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.3.1-1	504,8 Кб	1 366,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.3.1-1	510,8 Кб	1 366,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.3.1-1	505,7 Кб	1 006,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.3.1-1	510,2 Кб	1 273,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.3.1-1	468,5 Кб	1 311,0 Кб	[список файлов]