Pacote: bifrost (1.3.1-1 e outros)

[ Fonte: bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Outros pacotes relacionados a bifrost

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não alpha, ia64, riscv64, sparc64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

Download de bifrost

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.3.1-1	481.4 kB	1,305.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.3.1-1	500.0 kB	1,222.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.3.1-1+b1	486.1 kB	1,175.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.3.1-1	563.5 kB	1,966.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.3.1-1	482.2 kB	1,176.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.3.1-1	462.5 kB	1,326.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.3.1-1	504.8 kB	1,366.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.3.1-1	510.8 kB	1,366.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.3.1-1	505.7 kB	1,006.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.3.1-1	510.2 kB	1,273.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.3.1-1	468.5 kB	1,311.0 kB	[lista de arquivos]