Balík: bifrost (1.3.1-1 a iné)

Odkazy pre bifrost

Zdroje Debian:

Stiahnuť zdrojový balík bifrost:

Správcovia:

Externé zdroje:

Domovská stránka [github.com]

Podobné balíky:

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Ostatné balíky súvisiace s balíkom bifrost

závisí

odporúča

navrhuje

vylepšuje

dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs
dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, arm64, ia64]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

knižnica GNU C - zdieľané knižnice
tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, ia64, riscv64, sparc64]

podporná knižnica GCC

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1)

štandardná knižnica C++ GNU v3
dep: libunwind8 [ia64]

nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory
dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť bifrost

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry
Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.3.1-1	481.4 kB	1,305.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.3.1-1	500.0 kB	1,222.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.3.1-1+b1	486.1 kB	1,175.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.3.1-1	563.5 kB	1,966.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.3.1-1	462.5 kB	1,326.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.3.1-1	504.8 kB	1,366.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.3.1-1	510.8 kB	1,366.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.3.1-1	505.7 kB	1,006.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.3.1-1	510.2 kB	1,273.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.3.1-1	468.5 kB	1,311.0 kB	[zoznam súborov]