软件包：bifrost（1.3.1-1 以及其他的）

[ 源代码： bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

其他与 bifrost 有关的软件包

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

• dep: libc6 (>= 2.34) [除 alpha, arm64, ia64]

  GNU C 语言运行库：共享库
  同时作为一个虚包由这些包填实： libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C 语言运行库：共享库
  同时作为一个虚包由这些包填实： libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [除 alpha, ia64, riscv64, sparc64]

  GCC 支持库

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 标准 C++ 库，第3版

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  压缩库 - 运行时

下载 bifrost

下载可用于所有硬件架构的

硬件架构	版本	软件包大小	安装后大小	文件
alpha （非官方移植版）	1.3.1-1	481.4 kB	1,305.0 kB	[文件列表]
amd64	1.3.1-1	500.0 kB	1,222.0 kB	[文件列表]
arm64	1.3.1-1+b1	486.1 kB	1,175.0 kB	[文件列表]
ia64 （非官方移植版）	1.3.1-1	563.5 kB	1,966.0 kB	[文件列表]
mips64el	1.3.1-1	462.5 kB	1,326.0 kB	[文件列表]
ppc64 （非官方移植版）	1.3.1-1	504.8 kB	1,366.0 kB	[文件列表]
ppc64el	1.3.1-1	510.8 kB	1,366.0 kB	[文件列表]
riscv64	1.3.1-1	505.7 kB	1,006.0 kB	[文件列表]
s390x	1.3.1-1	510.2 kB	1,273.0 kB	[文件列表]
sparc64 （非官方移植版）	1.3.1-1	468.5 kB	1,311.0 kB	[文件列表]