Пакунок: mindthegap (2.3.0-4 and others)

[ Source: mindthegap  ]

performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets

Designed to call insertions of any size, whether they are novel or duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. It takes as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection insertion sites, the other is the set of assembled insertions for each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly finishing tool. It can fill the gaps between a set of input contigs without any a priori on their relative order and orientation. It outputs the results in gfa file.

Інші пакунки пов'язані з mindthegap

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, hppa, ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.8) [hppa]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg-7)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [not hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Завантажити mindthegap

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	2.3.0-4	224.4 kB	1,052.0 kB	[список файлів]
amd64	2.3.0-4	246.8 kB	1,073.0 kB	[список файлів]
arm64	2.3.0-4	221.6 kB	1,049.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	2.3.0-1	273.2 kB	1,000.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2.3.0-3+b1	268.9 kB	1,671.0 kB	[список файлів]
mips64el	2.3.0-4	198.2 kB	1,169.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	2.3.0-4	232.8 kB	1,241.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.3.0-4	238.5 kB	1,177.0 kB	[список файлів]
riscv64	2.3.0-4	238.0 kB	853.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	2.3.0-4	199.0 kB	1,054.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	2.3.0-4	250.3 kB	956.0 kB	[список файлів]