[ ソース: mindthegap ]
パッケージ: mindthegap (2.3.0-4 など)
mindthegap に関するリンク
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mindthegap ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets
Designed to call insertions of any size, whether they are novel or duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. It takes as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection insertion sites, the other is the set of assembled insertions for each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly finishing tool. It can fill the gaps between a set of input contigs without any a priori on their relative order and orientation. It outputs the results in gfa file.
その他の mindthegap 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, hppa, ia64 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.8) [hppa]
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- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]
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- dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg-7)
- dynamic library of the Genome Analysis Toolbox
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64 以外]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libhdf5-103-1 [hppa]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [hppa, ia64 以外]
- HDF5 C runtime files - serial version
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- dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa 以外]
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
mindthegap のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 2.3.0-4+b1 | 225.0 kB | 1,053.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 2.3.0-4+b1 | 247.9 kB | 1,074.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 2.3.0-4+b1 | 221.5 kB | 1,050.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 2.3.0-1 | 273.2 kB | 1,000.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 2.3.0-3+b1 | 268.9 kB | 1,671.0 kB | [ファイル一覧] |
| mips64el | 2.3.0-4+b1 | 208.6 kB | 1,170.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 2.3.0-4+b1 | 232.7 kB | 1,242.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 2.3.0-4+b1 | 239.3 kB | 1,178.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 2.3.0-4+b1 | 238.4 kB | 858.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 2.3.0-4+b1 | 199.7 kB | 1,055.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 2.3.0-4+b1 | 250.1 kB | 957.0 kB | [ファイル一覧] |