Paketti: mindthegap (2.3.0-4 ja muut)

[ Source: mindthegap  ]

performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets

Designed to call insertions of any size, whether they are novel or duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. It takes as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection insertion sites, the other is the set of assembled insertions for each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly finishing tool. It can fill the gaps between a set of input contigs without any a priori on their relative order and orientation. It outputs the results in gfa file.

Muut pakettiin mindthegap liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.38) [ei alpha, hppa, ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.8) [hppa]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg-7)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ei alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [ei hppa, ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ei hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Imuroi mindthegap

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	2.3.0-4+b1	225.0 kt	1,053.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	2.3.0-4+b1	247.9 kt	1,074.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	2.3.0-4+b1	221.5 kt	1,050.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	2.3.0-1	273.2 kt	1,000.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	2.3.0-3+b1	268.9 kt	1,671.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	2.3.0-4+b1	208.6 kt	1,170.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	2.3.0-4+b1	232.7 kt	1,242.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	2.3.0-4+b1	239.3 kt	1,178.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	2.3.0-4+b1	238.4 kt	858.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	2.3.0-4+b1	199.7 kt	1,055.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	2.3.0-4+b1	250.1 kt	957.0 kt	[tiedostoluettelo]