Balík: mindthegap (2.3.0-4 a iné)

[ Zdroj: mindthegap  ]

performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets

Designed to call insertions of any size, whether they are novel or duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. It takes as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection insertion sites, the other is the set of assembled insertions for each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly finishing tool. It can fill the gaps between a set of input contigs without any a priori on their relative order and orientation. It outputs the results in gfa file.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom mindthegap

• dep: libc6 (>= 2.38) [nie alpha, hppa, ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.8) [hppa]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg-7)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [nie hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

Stiahnuť mindthegap

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	2.3.0-4	224.4 kB	1,052.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	2.3.0-4	246.8 kB	1,073.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	2.3.0-4	221.6 kB	1,049.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	2.3.0-1	273.2 kB	1,000.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	2.3.0-3+b1	268.9 kB	1,671.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	2.3.0-4	198.2 kB	1,169.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	2.3.0-4	232.8 kB	1,241.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	2.3.0-4	238.5 kB	1,177.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	2.3.0-4	238.0 kB	853.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	2.3.0-4	199.0 kB	1,054.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	2.3.0-4	250.3 kB	956.0 kB	[zoznam súborov]