Paket: mindthegap (2.3.0-4 und andere)

[ Quellcode: mindthegap  ]

performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets

Designed to call insertions of any size, whether they are novel or duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. It takes as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection insertion sites, the other is the set of assembled insertions for each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly finishing tool. It can fill the gaps between a set of input contigs without any a priori on their relative order and orientation. It outputs the results in gfa file.

Andere Pakete mit Bezug zu mindthegap

• dep: libc6 (>= 2.38) [nicht alpha, hppa, ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.8) [hppa]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg-7)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nicht alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [nicht hppa, ia64]

  Hierarchisches Datenformat 5 (HDF5) - C-Laufzeitdateien - serielle Version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	2.3.0-4+b1	225,0 kB	1.053,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	2.3.0-4+b1	247,9 kB	1.074,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	2.3.0-4+b1	221,5 kB	1.050,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	2.3.0-1	273,2 kB	1.000,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	2.3.0-3+b1	268,9 kB	1.671,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	2.3.0-4+b1	208,6 kB	1.170,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	2.3.0-4+b1	232,7 kB	1.242,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	2.3.0-4+b1	239,3 kB	1.178,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	2.3.0-4+b1	238,4 kB	858,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	2.3.0-4+b1	199,7 kB	1.055,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	2.3.0-4+b1	250,1 kB	957,0 kB	[Liste der Dateien]