Pacote: mindthegap (2.3.0-4 e outros)

[ Fonte: mindthegap  ]

performs detection and assembly of DNA insertion variants in NGS read datasets

Designed to call insertions of any size, whether they are novel or duplicated, homozygous or heterozygous in the donor genome. It takes as input a set of reads and a reference genome. It outputs two sets of FASTA sequences: one is the set of breakpoints of detection insertion sites, the other is the set of assembled insertions for each breakpoint. MindTheGap can also be used as a genome assembly finishing tool. It can fill the gaps between a set of input contigs without any a priori on their relative order and orientation. It outputs the results in gfa file.

Outros pacotes relacionados a mindthegap

• dep: libc6 (>= 2.38) [não alpha, hppa, ia64, loong64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

  dep: libc6 (>= 2.8) [hppa]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgatbcore3 (>= 1.4.2+dfsg-7)

  dynamic library of the Genome Analysis Toolbox

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libhdf5-103-1 [hppa]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-103-1t64 [ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libhdf5-310 (>= 1.14.3) [não hppa, ia64]

  HDF5 C runtime files - serial version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não hppa]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

Download de mindthegap

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	2.3.0-4+b1	225.0 kB	1,053.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	2.3.0-4+b1	247.9 kB	1,074.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	2.3.0-4+b1	221.5 kB	1,050.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	2.3.0-1	273.2 kB	1,000.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	2.3.0-3+b1	268.9 kB	1,671.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	2.3.0-4+b1	224.2 kB	986.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	2.3.0-4+b1	208.6 kB	1,170.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	2.3.0-4+b1	232.7 kB	1,242.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	2.3.0-4+b1	239.3 kB	1,178.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	2.3.0-4+b1	238.4 kB	858.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	2.3.0-4+b1	199.7 kB	1,055.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	2.3.0-4+b1	250.1 kB	957.0 kB	[lista de arquivos]