Пакунок: unicycler (0.5.1+dfsg-2)

[ Source: unicycler  ]

Експериментальний пакунок

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Unicycler is an assembly pipeline for bacterial genomes. It can assemble Illumina-only read sets where it functions as a SPAdes-optimiser. It can also assembly long-read-only sets (PacBio or Nanopore) where it runs a miniasm+Racon pipeline. For the best possible assemblies, give it both Illumina reads and long reads, and it will conduct a hybrid assembly.

Інші пакунки пов'язані з unicycler

• dep: bcftools

  genomic variant calling and manipulation of VCF/BCF files

• dep: bowtie2

  ultrafast memory-efficient short read aligner

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: miniasm

  ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Додаткові функції Python3 Distutils

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: spades (>= 3.14)

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: unicycler-data

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

Завантажити unicycler

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	878.8 kB	3,213.0 kB	[список файлів]