Пакунок: samtools (1.21-0+exp1)

[ Source: samtools  ]

Експериментальний пакунок

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Client, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Interface Toolkit: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtering, Works with: Biological Sequence

Інші пакунки пов'язані з samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [not sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]

• dep: libhts3t64 (>= 1.21)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Спільні бібліотеки для роботи із терміналом

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Низькорівнева колективна бібліотека „terminfo“ для роботи з терміналом

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [not armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Завантажити samtools

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	651.3 kB	1,447.0 kB	[список файлів]
arm64	622.2 kB	1,743.0 kB	[список файлів]
armel	614.0 kB	1,348.0 kB	[список файлів]
armhf	617.1 kB	1,164.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	647.0 kB	1,387.0 kB	[список файлів]
i386	683.2 kB	1,572.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	618.8 kB	1,368.0 kB	[список файлів]
mips64el	627.1 kB	1,894.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	665.2 kB	1,935.0 kB	[список файлів]
ppc64el	677.2 kB	1,935.0 kB	[список файлів]
riscv64	657.4 kB	1,295.0 kB	[список файлів]
s390x	655.6 kB	1,507.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	708.7 kB	1,674.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	614.1 kB	7,771.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	655.4 kB	1,412.0 kB	[список файлів]