Package: unicycler (0.5.1+dfsg-2)

[ Source: unicycler  ]

Experimental package

Warning: This package is from the experimental distribution. That means it is likely unstable or buggy, and it may even cause data loss. Please be sure to consult the changelog and other possible documentation before using it.

Hybrid samlingsdatakanal for bakterigenomer

Unicycler er en samlingsdatakanal for bakteriegenomer. Den kan samle Illumina-only-læsesæt, hvor den fungerer som en SPAdes-optimerer. Den kan også samle long-read-only-sæt (PacBio eller Nanopore), hvor den afvikler en miniasm+Racon-datakanal. For de bedst mulige samlinger, giv den både Illuminalæsninger og lange læsninger og den vil udføre en hybrid samling.

Other Packages Related to unicycler

• dep: bcftools

  Genomisk variantkald og manipulering af VCF/BCF-filer

• dep: bowtie2

  Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: miniasm

  Ultrahurtig de novo assembler for lange støjfyldte DNA-sekvenslæsninger

• dep: ncbi-blast+

  Næste generation programpakke for BLAST-sekvens søgeværktøjer

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Python3 Distutils Enhancements

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: spades (>= 3.14)

  Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: unicycler-data

  Hybrid samlingsdatakanal for bakterigenomer - datapakke

Download unicycler

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	878.8 kB	3,213.0 kB	[list of files]