Paket: skewer (0.2.2-2)

[ Källkod: skewer  ]

post-processing of high-throughput DNA sequence reads

skewer implements the bit-masked k-difference matching algorithm dedicated to the task of adapter trimming and it is specially designed for processing next-generation sequencing (NGS) paired-end sequences.

Features

 * Detection and removal of adapter sequences
 * Insertion and deletion allowed in pattern matching
 * Targeted at Single End, Paired End (PE), and Long Mate Pair (LMP) reads
 * Demultiplexing of barcoded sequencing runs
 * Multi-threading support
 * Trimming based on phred quality scores
 * IUPAC characters for barcodes and adapters
 * Compressed input and output support

Andra paket besläktade med skewer

• dep: libc6 (>= 2.17)

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ej armel, armhf, i386, mipsel]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

Hämta skewer

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	68,2 kbyte	198,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	59,4 kbyte	166,0 kbyte	[filförteckning]
armel	58,8 kbyte	174,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	60,4 kbyte	130,0 kbyte	[filförteckning]
i386	71,0 kbyte	214,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	63,4 kbyte	212,0 kbyte	[filförteckning]
mipsel	65,1 kbyte	206,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	65,9 kbyte	211,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	60,9 kbyte	194,0 kbyte	[filförteckning]