Paket: tiddit (3.6.1+dfsg-2)

[ Quellcode: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Andere Pakete mit Bezug zu tiddit

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [nicht arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-numpy2-abi0

  Paket nicht verfügbar

  oder python3-numpy-abi9

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch python3-numpy

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

tiddit herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	483,4 kB	2.559,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	345,9 kB	2.407,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	375,0 kB	2.519,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	392,1 kB	1.751,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	417,1 kB	2.543,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	326,5 kB	2.710,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	366,7 kB	2.983,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	403,9 kB	1.743,0 kB	[Liste der Dateien]