Paket: tiddit (3.6.1+dfsg-1 och andra)

[ Källkod: tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Andra paket besläktade med tiddit

• dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [ej arm64, ppc64el, riscv64]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

Hämta tiddit

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
amd64	3.6.1+dfsg-1+b2	289,2 kbyte	1.264,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	3.6.1+dfsg-1+b2	236,4 kbyte	1.228,0 kbyte	[filförteckning]
armel	3.6.1+dfsg-1+b2	246,9 kbyte	1.132,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	3.6.1+dfsg-1+b2	250,6 kbyte	792,0 kbyte	[filförteckning]
i386	3.6.1+dfsg-1+b2	280,2 kbyte	1.284,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	3.6.1+dfsg-1+b2	218,3 kbyte	1.380,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	3.6.1+dfsg-1+b2	260,3 kbyte	1.548,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	3.6.1+dfsg-1+b2	269,6 kbyte	924,0 kbyte	[filförteckning]