Balík: python-biopython (1.70+dfsg-2 a iné) [debports]

[ Zdroj:  ]

knižnica na bioinformatiku implementovaná v jazyku Python 2

Projekt Biopython je medzinárodné združenie vývojárov slobodne dostupných nástrojov v jazyku Python na výpočtovú molekulárnu biológiu.

Je to distribuovaná spolupráca na vývoji knižníc a aplikácií v jazyku Python, ktoré pokrývajú potreby súčasnej a budúcej práce v bioinformatike. Zdrojový kód je prístupný za podmienok licencie Biopython License, ktorá je extrémne liberálna a kompatibilná s takmer každou licenciou na svete. Projekt funguje vedľa nadácie Open Bioinformatics Foundation, ktorá projektu štedro poskytuje webový priestor a úložisko CVS.

Tento balík je cielený na Python verzie 2.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom python-biopython

• dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.4) [sparc64]

• dep: python [sparc64]

  Balík nie je dostupný

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7)

• dep: python-numpy (>= 1:1.10.0~b1) [sparc64]

  Balík nie je dostupný

  dep: python-numpy (>= 1:1.8.0) [hppa]

• dep: python-numpy-abi9

  Balík nie je dostupný

• dep: python-reportlab

  Balík nie je dostupný

• rec: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• rec: python-biopython-doc (= 1.65+dfsg-1) [hppa]

  Documentation for the Biopython library

  rec: python-biopython-doc (= 1.70+dfsg-2) [sparc64]

• sug: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• sug: clustalw

  globálne viacnásobné zarovnávanie sekvencií nukleotidov alebo peptidov

• sug: dialign

  Segment-based multiple sequence alignment

• sug: dssp

  protein secondary structure assignment based on 3D structure

• sug: emboss

  európsky balík otvoreného softvéru pre molekulárnu biológiu

• sug: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: phylip [sparc64]

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: prank

  Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences

• sug: probcons

  PROBabilistic CONSistency-based multiple sequence alignment

• sug: python-matplotlib

  Balík nie je dostupný

• sug: python-mysqldb

  Balík nie je dostupný

• sug: python-pil

  Balík nie je dostupný

• sug: python-psycopg2

  Balík nie je dostupný

• sug: python-rdflib (>= 4)

  Balík nie je dostupný

• sug: python-renderpm

  Balík nie je dostupný

• sug: python-scipy [sparc64]

  Balík nie je dostupný

• sug: python-tk

  Balík nie je dostupný

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• sug: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

• sug: wise (>= 2.4.1-16)

  comparison of biopolymers, like DNA and protein sequences

Stiahnuť python-biopython

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
hppa (neoficiálny port)	1.65+dfsg-1	1,151.5 kB	7,815.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.70+dfsg-2	1,137.3 kB	8,036.0 kB	[zoznam súborov]